実はGoogle 日本語入力（Windows版）の設定にはこんな項目がある。

「ホットキー（Ctrl+Shift）によるIMEの切り替えを無効化する」
そしてこの項目はデフォルトでOFFになっている。

つまりデフォルトの設定でGoogle IMEとMS IMEが入っている場合はCtrl+Shiftを押す度にそれぞれが切り替わるわけで、Ctrl+Shift＋何かのキーを押すようなショートカットを使うとその都度IMEが切り替わってしまうわけです。しょっちゅうIMEを切り替えるような使い方が必要な人もいるのだろうけど、そこは無効がデフォルトでいいんじゃないだろうか。Googleにしては気が利かない。
追記：いや、なんかこの切替ショートカットでWindows標準のショートカットらしいぞ？わざわざこういう設定をつけてくれたGoogleはむしろ気が効いていたということのようだ。ごめんGoogle。

というわけで、勝手に切り替わっちゃうよ〜って人は、ここにチェックを入れておくと解決する場合が多いんじゃないかな。
ちなみにMac版ではこの設定が無いので気にしなくていい。